Cuando en una balsa aparecen algas se debe, normalmente, a un exceso de nutrientes, principalmente nitratos y fosfatos, y a la falta de oxígeno disuelto en el agua. La cantidad de oxígeno disuelto es un indicador fundamental de la calidad del agua, a mayor concentración, mejor calidad.
El exceso de nutrientes se convierte en el alimento de las algas, provocando su crecimiento. Además la falta de oxígeno no permite que los microorganismos, como las bacterias, propios del agua, puedan competir con las algas y frenar su aparición.
Entre otros parámetros influyentes, las algas aparecen en verano debido a que el oxígeno pierde solubilidad en aguas más cálidas, es decir, a mayor temperatura la concentración de oxígeno en el agua de las balsas disminuye considerablemente.